Sobald im Hintergrund die Defragmentierung läuft, wird der Rechner mitunter quälend langsam. Schuld ist dann der Virenscanner, der durch die Defragmentierung eine Änderung an der Datei bemerkt und jede Datei analysiert. Wer schneller defragmentiere möchte, kann den Virenschutz vorübergehend abschalten.
Aus Sicherheitsgründen sollten zuvor die Netzwerk- und Internetverbindungen deaktiviert werden, damit sich während der Turbo-Defragmentierung kein Schadprogramm einnisten kann. Dazu bei Notebooks zum Beispiel über den WLAN-Schalter die Funkverbindung trennen oder den Netzwerkstecker ziehen.
Zum Deaktiveren des Echtzeitschutzes muss bei den meisten Schutzprogammen mit der rechten Maustaste aufs Programmsymbol unten rechts in der Taskleiste geklickt und ein Befehl wie „Schutz anhalten“ aufgerufen werden.
Wird jetzt die Defragmentierung gestartet, kommen sich Defragmentierer und Virenschutz nicht mehr in die Quere. Allerdings darf man nicht vergessen, nach dem Defragmentieren den Virenscanner wieder scharfzustellen.
